根據(jù)我國現(xiàn)行海關(guān)法令規(guī)定：
  1.保稅倉庫對所存放的貨物，應(yīng)有專人負(fù)責(zé)，要求于每月的前五天內(nèi)將上月所存貨物的收、付、存等情況列表報送當(dāng)?shù)睾ｊP(guān)核查。
  2.保稅倉庫中不得對所存貨物進(jìn)行加工，如需改變包裝、加刷嘜碼，必須在海關(guān)監(jiān)管下進(jìn)行。
  3.海關(guān)認(rèn)為必要時，可以會同保稅倉庫的經(jīng)理人，雙方共同加鎖，即實(shí)行聯(lián)鎖制度。海關(guān)可以隨時派員進(jìn)入倉庫檢查貨物的儲存情況和有關(guān)帳冊，必要時要派員駐庫監(jiān)管。
  4.保稅貨物在保稅倉庫所在地海關(guān)入境時，深圳至香港運(yùn)貨公司或其代理人(如貨主委托保稅倉庫辦理的即由保稅倉庫經(jīng)理人)填寫進(jìn)口貨物報關(guān)單一式三份，加蓋“保稅倉庫貨物”印章，并注明此貨物系存入保稅倉庫，向海關(guān)申報，經(jīng)海關(guān)查驗(yàn)放行后，一份由海關(guān)留存，二份隨貨帶交保稅倉庫。保稅倉庫經(jīng)理人應(yīng)于貨物入庫后即在上述報關(guān)單上簽收，其中一份留存保稅倉庫，作為人庫的主要憑證，一份交回海關(guān)存查。
  5.貨主在保稅倉庫所在地以外的其他口岸進(jìn)口貨物，應(yīng)按海關(guān)對轉(zhuǎn)口運(yùn)輸貨物的規(guī)定辦理轉(zhuǎn)口手續(xù)。貨物運(yùn)抵后再按上述規(guī)定辦理入庫手續(xù)。
  6.保稅貨物復(fù)運(yùn)出口時，深圳至香港運(yùn)貨公司或其代理人要填寫出口貨物報關(guān)單一式三份并交驗(yàn)進(jìn)口時由海關(guān)簽印的報關(guān)單，向當(dāng)?shù)睾ｊP(guān)辦理復(fù)運(yùn)出口手續(xù)，經(jīng)海關(guān)核查與實(shí)貨相符后簽印，一份留存，一份發(fā)還，一份隨貨帶交出境地海關(guān)憑以放行貨物出境。
  7.存放在保稅倉庫的保稅貨物要轉(zhuǎn)為國內(nèi)市場銷售，貨主或其代理人必須事先向海關(guān)申報，遞交進(jìn)口貨物許可證件，進(jìn)口貨物報關(guān)單和海關(guān)需要的其他單證，并交納關(guān)稅和產(chǎn)品(增值)稅或工商統(tǒng)一稅后，由海關(guān)核準(zhǔn)并簽印放行。保稅倉庫憑海關(guān)核準(zhǔn)單證發(fā)貨，并將原進(jìn)口貨物報關(guān)單注銷。
  深圳至香港運(yùn)貨公司要依靠海關(guān)辦好保稅倉庫，因此必須充分協(xié)作配合，保稅倉庫經(jīng)營者要嚴(yán)格執(zhí)行海關(guān)的法令規(guī)定，海關(guān)需要的報表應(yīng)及時報送，海關(guān)要檢查的帳冊，須完整無誤，發(fā)生問題應(yīng)及時向海關(guān)報告，請求處理，以利海關(guān)監(jiān)管。在這個前提下，海關(guān)力求簡化手續(xù)，提供方便，共同把保稅倉庫辦好，以充分發(fā)揮保稅倉庫的優(yōu)越性，為發(fā)展對外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易服務(wù)。